Nel luglio del 1574ad Oltrona, Voltorre e Comerio giunge in visita il cardinal Carlo Borromeo. Gli oltronesi ed i groppellesi esprimono al prelato il desiderio di unirsi alla parrocchia di Comerio. La seconda visita di San Carlo che porta ad Oltrona alcune reliquie dei santi martiri Vitale ed Agricola, si effettua il 7 luglio 1581. Dopo pochi giorni viene redatto un atto notarile tra gli uomini di Oltrona e Groppello ed il curato di Comerio don Cesare del Vegio col quale si stabilisce che nella chiesa di San Vitale due volte la settimana e quattro volte l’anno in domenica si effettueranno la celebrazione delle messe ed inoltre l’amministrazione dei sacramenti e la celebrazione delle rogazioni. Intanto certa signora Giulia Caravati dona alla chiesa di Oltrona la casa insieme con alcuni terreni da adibirsi a canonica nella zona dell’attuale fontana, al termine della via Garoni, così che la grossa lacuna che impediva l’erezione in parrocchia viene colmata. Il cardinal Federigo Borromeo, nel 1594, istituisce la parrocchia di Oltrona dove nel 1601 giunge come primo curato don Giacomo Daverio. Nell’aprile del 1821 un fulmine devasta il campanile e la chiesa divenuta pericolante viene chiusa per alcuni mesi. Negli anni 1845-50 essendo parroco don Giovanni Battista Piotti viene ricostruita la canonica e dei tanti locali ricavati uno verrà occupato dalla deputazione comunale, mentre nel più ampio verrà sistemata la pluriclasse maschile della scuola elementare. Nell’anno 1900 essendo parroco don Ercole Borri, la chiesa di S.Vitale e Agricola viene ingrandita ed assume le dimensioni attuali. Nel 1904 viene costruito il nuovo campanile con la posa di 5 campane in sostituzione delle tre precedentie nel 1930 viene costruita la nuova canonica che oggi notiamo accanto alla chiesa.