Le notizie storiche riportano che nel 1647 esisteva al principio del sasso di Gavirate una cellula cioè una cappellina della Santa Trinità. Nel 1713 fu benedetta e l’otto gennaio venne celebrata la prima Santa Messa.
Le suddette notizie fanno arguire che la cellula della Santa Trinità fu trasformata in una chiesa oratorio negli anni dal 1647 al 1713.

I nostri antenati di alcuni secoli fa erano soliti costruire lungo le strade in punti particolarmente significativi delle cappelline con l’immagine della Madonna, di San Rocco e di altri santi protettori e nel nostro caso del Santissimo Crocefisso e della Santissima Trinità.
Qui, stanchi per i lunghi viaggi, si fermavano a riposare ed a ristorarsi. Solitamente accanto alla cappella c’era anche una fontanina d’acqua sorgiva.
Alcune cappelline si notano ancora qua e la specie nei paesi ancora rustici.
La chiesetta servì come luogo di isolamento e di cura dei malati di colera e durante la prima guerra mondiale venne usata dai militari che costruivano le strade verso il Forte di Orino. Venne restaurata nel 1923 e recentemente la Pro Gavirate si è fatta carico dell’illuminazione esterna.